«Система трансцендентального идеализма» (1800) — важнейшее произведение раннего Шеллинга. Это прежде всего был его критический ответ на философские представления, господствовавшие на исходе XVIII в., — на кантианство и фихтеанство. Одновременно это был уже довольно зрелый и самостоятельный набросок философского учения, где принципы Канта и основоположения Фихте были не только глубоко проработаны, приняты во внимание, но и подвергнуты решительному преобразованию. Свою главную задачу Шеллинг теперь видит в том, чтобы, продолжая дело Канта и Фихте, осмыслить человеческое знание в его системности и целостности, для чего требуется, по его мнению, представить идеализм в его наиболее развернутом и доказательном виде.
Философия для Шеллинга — это «устремленная вперед история самосознания, по отношению к которой наслоения, отложившиеся в качестве опыта, служат как бы исторической памяткой и документацией». Особое значение в изображении «чистой» истории самосознания Шеллинг придает такому результату, как «параллелизм, существующий между природой и разумным», — ему и будет отвечать задуманное философом объединение прежде разрозненных натурфилософии и трансцендентальной философии. Поэтому в отличие от Фихте, требующего начинать философию с Я, Шеллинг — в силу указанного параллелизма — считает проблему начала более или менее условной: безразлично, говорит он, «примем ли мы за первичное объект или субъект».